Visi Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga adalah arah yang diinginkan oleh Pascasarjana dalam jangka panjang, yang mencerminkan tujuan yang ingin dicapai oleh Pascasarjana. Oleh karena itu, visi Pascasarjana merupakan derivasi dari visi Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta. Keselarasan visi Pascasarjana dan Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga dapat dilihat dari gambar diatas.

Dari visi di atas, selanjutnya dijabarkan dalam misi Pascasarjana sebagai berikut:

1. Meningkatkan reputasi Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga di level Nasional dan Internasional di bidang pengajaran, riset dan pengabdian dengan tata kelola yang profesional, seimbang (tawazun), transparan dan akuntabel.
2. Meningkatkan koordinasi dan mensinergikan kegiatan Pengajaran, Penelitian dan Pengabdian Masyarakat sebagai wujud pelaksanaan Tri Dharma Perguruan Tinggi.
3. Meningkatkan kesejahteraan bagi dosen dan tendik dengan mengoptimalkan penghasilan BLU Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta.
4. Menciptakan kampus Pascasarjana yang berintegritas, ramah, religius untuk mendukung kenyamanan proses pembelajaran dan pelayanan akademik.

Rumusan visi dan misi di atas, dibreakdown menjadi tujuan yang dicapai oleh Pascasarjana sebagai berikut: (1) Melahirkan sarjana strata dua (S2) dan strata tiga (S3) dalam bidang studi Islam dengan penguasaan keilmuan yang integratif-interkonektif yang didukung dengan metodologi yang kuat dalam kerangka transformasi sosial yang humanis-transendental. (2) Menghasilkan ilmu pengetahuan yang berguna bagi kemajuan peradaban. (3) Membangun jejaring dan sinergi dengan berbagai pemangku kepentingan untuk mewujudkan nilai-nilai kemanusiaan dan perdamaian di tengah masyarakat.

Untuk mencapai visi, misi, dan tujuan yang telah ditetapkan, Pascasarjana menyusun rencana strategis sebagai berikut: Pertama, Peningkatan reputasi Pascasarjana. Rencana strategis ini dilakukan melalui kegiatan berikut:

1. Membuat tim peningkatan akademik Pascasarjana untuk mendukung keunggulan kualitas  pembelajaran dan riset.
2. Meningkatkan kualitas dalam proses pembelajaran di Pascasarjana, dengan cara memadukan model pembelajaran blended, (antara daring dan luring), khususnya di masa pandemi Covid-19 dan memadukan antara aspek teori dan praktik riset.
3. Memfasilitasi para dosen untuk mengikuti model-model perkuliahan yang kreatif dan inovatif dengan memanfaatkan IT untuk menghasilkan alumni magister dan doktor   yang mampu berkompetisi di era global era 4.0.
4. Meningkatkan jumlah karya dosen dan mahasiswa dengan memfasilitasi para dosen dan mahasiswa untuk melakukan riset ilmiah dan publikasi jurnal dan buku, baik di level Nasional maupun Internasional.
5. Membangun jejaring dengan melakukan kerja sama melalui MoU  dengan berbagai lembaga dan Perguruan Tinggi di dalam dan luar negeri   untuk mendatangkan dosen dan mahasiswa untuk peningkatan reputasi Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga, baik di level Nasional maupun Internasional.
6. Melakukan redesain kurikulum   untuk merespon isu-isu aktual dan tren baru  keilmuan yang ada di masing-masing prodi Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta.
7. Meningkatkan dana penelitian, intensitas output riset (publikasi dan HAKI buku), jumlah publikasi tersitasi oleh dunia akademik/Scopus index atau yang lainnya.

Kedua, sinergitas Program Tridarma Perguruan Tinggi di Pascasarjana dilakukan melalui kegiatan berikut:

1. Menyusun road map dan melakukan riset yang sejalan dengan isu-isu aktual dan keilmuan prodi, baik di level S2 (Program Magister) maupun S3 (Program Doktor).
2. Mewujudkan sinergitas dalam aktivitas pengajaran, penelitian dan pengabdian masyarakat, berbasis kebutuhan pemangku kepentingan dengan mendorong dan memfasilitasi para dosen untuk melakukan riset-riset dan pengabdian kolaboratif yang melibatkan para mahasiswa.
3. Melakukan kegiatan pengabdian masyarakat, bagi dosen maupun mahasiswa, sehingga eksistensi Pascasarjana dapat dirasakan langsung oleh para  pemangku kepentingan (stakeholder).

Ketiga, peningkatan efektivitas layanan publik, penghasilan BLU dan kesejahteraan  dosen dan Tendik.

1. Menyelenggarakan  seminar dan short course untuk orang tenaga pendidik tentang manajemen tata kelola Pascasarjana yang profesional dan akuntabel.
2. Melakukan kerjasama dan kegiatan dengan berbagai pihak untuk menaikkan penghasilan BLU Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga untuk peningkatan kesejahteraan.
3. Meningkatkan pelayanan kepada masyarakat, dosen dan mahasiswa dalam rangka memajukan kesejahteraan umum dan mencerdaskan kehidupan bangsa.

Keempat, menciptakan kampus Pascasarjana yang berintegritas, nyaman, ramah, religious, dilakukan dengan kegiatan berikut:

1. Penataan kelembagaan dan kepegawaian dan optimalisasi IT untuk pengelolaan lembaga, dengan strategi menyempurnakan manajemen sistem informasi Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga yang lengkap, akurat dan mutakhir.
2. Menyusun SOP pelayanan akademik jelas dan terukur efektif dan efisien.
3. Mendorong setiap dosen dan tendik untuk memberikan contoh keteladanan dalam pelayanan akademik yang profesional   dengan menyusun SOP sesuai dengan tugas dan tanggung jawabnya masing-masing.
4. Menyediakan ruang-ruang dan sarana-prasarana untuk kegiatan diskusi, seminar, penelitian, keagamaan, olah raga dan seni
5. Menciptakan kampus yang bebas dari praktik gratifikasi dan korupsi, serta bebas plagiarism dalam   menulis karya akademik, baik artikel, tesis, disertasi maupun buku.

Adapun nilai-nilai yang dikembangkan Pascasarjana dan Program Studi S2 IIS dan S3 Studi Islam dalam pencapaian visi, misi, tujuan dan strategi mengacu pada core values UIN Sunan Kalijaga yaitu: integrasi-interkoneksi, dedikatif-inovatif dan inklusif-continuous improvement. Semua kegiatan akademik UIN Sunan Kalijaga sebagai implementasi dari kegiatan Tridharma, baik di bidang pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat selalu mengacu kepada core value tersebut. Dalam konteks tersebut, Pascasarjana sangat concern dalam mengimplementasikan nilai-nilai tersebut dalam kegiatan pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. Hal ini dapat dibuktikan dari pendekatan-pendekatan yang digunakan dalam proses perkuliahan, riset dan pengabdian kepada masyarakat.