UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta merupakan kelanjutan dari Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (PTAIN), Akademi Dinas Ilmu Agama (ADIA), dan Institut Agama Islam Negeri (IAIN). Kelahirannya bertujuan untuk menggali ajaran Islam dan mengembangkan khazanah spiritual bangsa sebagai bagian dari perjuangan Indonesia dan mengejar kemerdekaan untuk memajukan kesejahteraan umum dan mencerdaskan bangsa.

Sebagai lembaga pendidikan tinggi Islam, UIN Sunan Kalijaga mengakui bahwa universalitas Islam harus menerima pluralitas bangsa dan globalisasi dalam konteks interaksi internasional. Oleh karena itu, UIN Sunan Kalijaga bertanggung jawab untuk mengkaji Islam secara moral dan akademik, menyebarkan perdamaian, dan mengkomunikasikannya kepada masyarakat dunia melalui Tridharma Perguruan Tinggi, serta memberdayakan sumber daya manusia yang ahli dalam Studi Islam, beriman, dan bertakwa.

UIN Sunan Kalijaga mulai menyelenggarakan pendidikan formal bagi mereka yang ingin memperoleh gelar Magister atau Doktor mulai tahun ajaran 1983/1984. Inisiatif ini didasarkan pada keputusan Menteri Agama No. 26 tahun 1983 dan kemudian dikukuhkan kembali dengan keputusan No. 208 tahun 1997 dan No. 95 tahun 1999.

Program Pascasarjana pertama kali menghasilkan lulusan S2 pada tahun 1985/1986, dan sejak saat itu, program studi Doktoral (S3) dilaksanakan. Program Pascasarjana pada awalnya bernama Sekolah Pascasarjana dan Program Doktor IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta dipimpin oleh seorang dekan yang kemudian digantikan oleh seorang direktur. Direktur pertama Program Pascasarjana adalah Prof. Dr. H. Nourouzzaman Shiddiqi, M.A., namun meninggal dunia pada tanggal 16 Juli 1999. Jabatan tersebut kemudian dijabat oleh Rektor Prof. Dr. H. M. Atho Mudzhar, dan selanjutnya oleh Prof. Dr. Faisal Ismail, M.A., yang kemudian diangkat sebagai Kepala Badan Penelitian dan Pengembangan Departemen Agama.

Menurut Peraturan Pemerintah No. 60 Tahun 1999, Pj Direktur Program Pascasarjana IAIN Sunan Kalijaga dijabat oleh Prof. Dr. H. M. Amin Abdullah yang juga Wakil Rektor I, berdasarkan surat keputusan rektor No. 91/Ba.0/A/2000, setelah pengangkatan Prof. Dr. Faisal Ismail. Akhirnya diangkat Prof. Dr. H. M. Amin Abdullah sebagai rektor IAIN Sunan Kalijaga, dan menjabat sejak 22 Maret 2002. Alhasil, jabatan Direktur Program Pascasarjana IAIN Sunan Kalijaga dijabat oleh berbagai individu.

Mulai tahun 2001/2002 Program Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga menerapkan Kurikulum Terpadu S2/S3. Sistem yang dipakai penuh, setiap mahasiswa bebas memilih matakuliah yang ditawarkan dengan memenuhi jumlah SKS yang telah ditetapkan.  Seiring dengan transformasi UIN berdasarkan Keppres No. 50 tanggal 21 Juni 2004, lembaga ini juga berubah menjadi Program Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga.

Prodi S2 IIS berdiri dan mendapatkan izin operasional pada 2005 berdasarkan SK dari Direktorat Jenderal Kelembagaan Islam (BAGAIS), Departemen Agama DJ.II/203/2005. Pada awal berdiri, Prodi S2 IIS hanya terdiri dari satu peminatan yaitu Pekerjaan Sosial dan merupakan program internasional melalui kerjasama dengan School of Social Work, McGill University dengan pengantar kuliah berbahasa Inggris. Untuk menyasar target mahasiswa dengan lebih luas, tahun ajaran 2005/2006 prodi IIS berubah menjadi program reguler berbahasa Indonesia. Selanjutnya, pada tahun 2009 Prodi IIS membuka konsentrasi Ilmu Perpustakaan dan Informasi (IPI) sehingga program IIS memiliki dua peminatan.

Pada tahun 2015 UIN Sunan Kalijaga membuat kebijakan yang memberi kewenangan kepada semua fakultas untuk menyelenggarakan S2 yang linear, sedangkan Pascasarjana memfokuskan pada prodi yang non-linear atau interdisiplin. Sejak  kebijakan ini, Pascasarjana mulai berupaya berbenah dengan memposisikan diri untuk mengembangkan program lintas disiplin (interdisciplinary program) sebagai pembeda dari program Pascasarjana monodisiplin. Terdapat satu program studi di Pascasarjana yang berpeluang untuk dikembangkan sebagai program lintas disiplin di Pascasarjana yaitu program Interdisciplinary Islamic Studies (IIS). Program yang dulu dibuat sebagai bagian dari kerjasama UIN Sunan Kalijaga dengan McGill University di bidang Social Work dalam payung CIDA (Canadian International Development Agency) pada gilirannya dirancang ulang untuk mewadahi peminatan baru yang bersifat lintas disiplin.

Pascasarjana selanjutnya mengembangkan Prodi S2 IIS secara lebih luas dengan menambahkan 12 peminatan baru menjadikan prodi S2 IIS memiliki 14 peminatan pada tahun 2015. Pada 2016, dua peminatan Sejarah Kebudayaan Islam dan Ilmu Bahasa Arab tidak lagi diselenggarakan oleh Pascasarjana seiring berdirinya Prodi Sejarah dan Kebudayaan Islam dan Bahasa dan Sastra Arab di Fakultas Adab dan Ilmu Budaya UIN Sunan Kalijaga sehingga sampai saat ini Prodi S2 IIS memiliki 12 peminatan. Di tahun 2021-2022, Prodi S2  IIS menambahkan satu peminatan Kajian Industri dan Bisnis Halal bekerjasama dengan Direktorat Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren. Di tahun 2022 Prodi S2 IIS menyiapkan dua peminatan internasional yaitu Islamic Thought and Muslim Society (ITMS) yang rencananya dilaksanakan dalam bahasa Inggris dan Al-Dirasat Islamiyah wal Arabiyah (DIA) dalam bahasa Arab.

Sebagai prodi yang tidak mempunyai induk asosiasi, Prodi S2 IIS Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga yang dulunya bercorak ‘Social Work’ setelah 2015 mengalami perubahan signifikan dengan penekanan pada tradisi lintas disiplin dalam kajian Islam dengan gagasan payung “Islamic Thought and Muslim Society”. Untuk pengembangan kurikulum Prodi S2 IIS melakukan kerjasama dengan mengacu pada kurikulum di kampus-kampus Asia dan Asia Tenggara. Di tahun 2016, Prodi S2 IIS berkunjung dan mengadakan workshop dengan Department of Religious Studies Mahidol University dan Universiti Tun Hussein Onn Malaysia (UTHM). Di tahun 2017 Pascasarjana melakukan workshop dan pengkajian kurikulum dengan Rajaratnam School of International Studies, NTU Singapura. Di 2019 untuk pengembangan gagasan Islamic Thought and Muslim Society, Pascasarjana berangkat ke tiga kampus terkemuka yaitu Al Azhar University di Mesir, Osaka University di Jepang dan National Cheng Kung University di Taiwan. Kerjasama dan workshop yang dilaksanakan di universitas-universitas tersebut melibatkan mahasiswa dan dosen untuk pengembangan kurikulum yang lebih global dan sesuai dengan spirit lintas disiplin sebagaimana dipraktikkan di kampus-kampus di Asia tersebut.